一、内部组织管理制度
应有一名院领导主管基本医疗保险工作，设立专门医保机构，配备专(兼)职管理人员及专业医务人员具体负责医疗保障基金使用管理工作，建立健全考核评价体系，制定工作职责，按条例和协议要求开展医疗保障基金相关制度、政策培训，定期检查医疗保障基金使用情况，及时纠正医疗保障基金使用不规范的行为，做到对违规医疗行为的事前预警、事中纠正、事后追责，实现对医疗保障基金使用的全过程监控，不断规范医务人员的医疗行为，杜绝违规现象的发生。
二、医疗保障就医（购药）管理制度
要建立健全相应的医疗保险就医（购药）管理制度（主要包括：普通门诊治疗（购药）管理、门诊特慢病管理、门急诊抢救留观转住院管理、参保患者住院管理、单病种管理、转诊或转院备案管理、异地就医管理、医疗保险用药和大型诊疗设备项目管理等），制定执行基本医疗保险政策法规的相应措施，并将有关文件材料存档。
三、医疗保障药品、医用耗材管理制度
主要是购入药品及医用耗材，有真实完整的药品、医用材料购进记录，建立相应购销存台账，并留存销售凭证等。
四、医疗保障基金使用管理结算制度
主要是医疗保障基金使用范围、基金结算方式、基金结算办法等。
五、医疗保障信息管理制度
遵守本统筹地区医疗保险信息安全管理规范，制定信息安全管理制度、信息保密制度、接口管理制度、故障应急预案等。保证信息网络安全运行和信息真实、准确、完整，及时传输参保人员就诊、费用、结算及其他相关信息。使用HIS系统的定点医疗机构，应当与医疗保险管理信息系统对接。
六、定点医药机构医保基金使用违规追责制度
制定医保基金使用管理违规责任追究制度，落实相关科室责任，加强对医技护（药）师及医疗服务相关人员的管理，确保医保基金安全。
七、其他相关制度
按照本单位管理特点制定的医疗保障基金使用管理其他相关制度。
